記述子計算のフリーソフト「PaDEL-descriptor」を見つけました*1。 実装内容は、 1D, 2D記述子 663種類 3D 134種類 フィンガープリント 10種類 とのことです。CDKをベースとして、さらにフィンガープリントを充実させている様子です。 まずは、とりあえずダ…

個人的な偏見ですが、フリーソフトの部分構造検索には疑心を抱いていて、 いちど検出率を確認してみようと思った次第です。 まずは、UniversalIsomorphismTesterクラスを使ってみます。 「Cannot percieve atom type for 〜」の警告が鬱陶しいので、 今回は…

（編集中）

Fragmentってゆーから期待してしまいましたが、 ソースコードを読んで、単に結合の粗密を測る尺度だとわかりました。 Nilakantanら*1の論文では、 別プログラムで環構造単位に分子を切断した後、それぞれのフラグメントについて この尺度で計算していますの…

花粉が目にしみる… クロモグリク酸Na配合の目薬、よく効くそうですね、高いですけど。 構造式を見てみると、左右対称の面白い形をしています。原子に番号を振ってみました。以下で使います。 前回の補足として、 隣接行列から距離行列を計算してみましょう。…

「Eccentric」と聞くとエキセントリック少年ボウイを思い出させますが ここではそんな「風変わりな」という意味ではなく、 れっきとした数学用語「離心性」として扱います。 どちらのEccentricも、中心（centric）から離れているイメージです。 原子間の繋が…

武道では、「守破離」という修行の順序に関する心得があるそうです。 「守」 → 所属する流派の教えを忠実に模倣する 「破」 → 他流派の教えを取り入れ発展させる 「離」 → 独自で創造的なものを生み出す 何をするにしても、模倣から始めるのが良い気がします…

一般的に、場所や時間ごとの観測値の中に繰り返しパターンが潜んでいる場合、 「自己相関」を計算することでその周期性を検出できることがあります。 実際、音声やスペクトルの解析では、周期的に現れるシグナルを ノイズの海の中から掬い上げるときに使われ…

化学構造は、しばしば「グラフ」というデータ構造として取り扱われます。 このとき、各原子はノード（点）、原子間の結合はエッジ（線）と呼ばれ、 エッジの連結情報は、隣接行列として表現できます。 Burden*1は、この隣接行列の対角成分に各原子の属性を格…

学生時分には、球や円錐の「表面積」の計算を教わりましたが、 何処で使う計算なのか把握していなかったこともあって、 個人的に、随分とぞんざいに扱ってきた気がしています。 特に、ほぼ同時に習う「体積」と比較して、 高校範囲の物理・化学では幽霊のよ…

なぜ、CDKのRuleOfFiveDescriptorクラスで「回転可能結合数」が数えられているのか、 推察してみましたところ、Veberらの論文*1 に行き当たりました。 彼らは、リピンスキーの法則の拡張を考え、結果として、 回転可能結合数 ≦ 10 極性表面積 ≦ 140 (Å^2) が…

オームの法則、ヘンリーの法則、メンデルの法則、ケプラーの法則、マーフィーの法則、… どの分野でも、発見した人の名前に因んだ経験則が受け継がれていますよね。 もちろん創薬分野にもあります。 これまで挙げてきた分子量、LogP、水素結合ドナー/アクセプ…

先日、XLogPは「原子タイプの線形和と考える手法」に分類されると書きましたが、 実際どのように値が算出されるのか、例をあげつつ説明してみます。 きょうの分子は、市販かぜ薬に解熱鎮痛成分として含まれている 「アセトアミノフェン (Acetaminophen)」で…

LogP予測手法をたくさん挙げてはみたものの、結局どれを使えばええねん、って 思ってしまいます。じつは、専門の研究者もそう思っています。 そして実際、ベンチマークを主眼とする論文*1が2009年に発表されています。この論文によると、ALOGPSやAB/LogPが良…

分子量と並んでよく計算されるものに、「LogP（ろぐぴー）」があります。 LogPは、その化合物が油と水のどちらに溶けやすいかを示す指標で、 薬物のADME（吸収、分配、代謝、排泄）を決定する重要な因子となります。 油によく溶ける分子は、体内に吸収されや…

前回のコードを改造して、 ドナー（水素を供与する側の原子）の数も同時に数えてみましょう。 定義は、アクセプターより単純です。 酸素もしくは窒素原子のうち、水素原子に隣接し、しかも負電荷を帯びていないもの ID, アクセプター数、ドナー数をタブ区切…

前回は、すべての原子について一律に計算しましたが、 今回は、特定の条件を満たす原子についてのみ、計算してみましょう。 あらゆる分子の間にはさまざまな引力や斥力が働いていますが、 くすりの設計において最も注目されるのが「水素結合」です。 水素結…

手始めに、くすりのサイズの目安となる「分子量」から計算してみましょう。 エレベーターに重量制限があるのと同じで、重い分子は 飲んでも小腸の細胞膜をなかなか通してくれず、体内に吸収されにくくなります。 それゆゑに、内服薬としては、分子量500以下…

化学構造情報には、定型のファイル形式があり、 さまざまなソフトウェアで互換できるように設計されています。 代表的なものに、 SMILES (すまいるず) SMARTS (すまーつ) SMIRKS (すまーくす) InChI （いんち） SDF (えすでぃーえふ) MOL (もる) MOL2 (もる…

はじめまして。 いきなりですが、 新しいくすりを設計するのは、とても難しいことです。 なぜならば、生物界はその系に存在する分子のみで問題なく成立していて、 人工的に設計した外界の分子に反応する必要がないからです。 そこを無理無体に反応させると何…