これまで cdk-1.2.7 を使ってきましたが、 先日立て続けに更新されたこともあり、 思い切って、開発段階にある cdk-1.3.12 を採用してみることにしました。 （sourceforgeからフリーでダウンロードできます。） ソースコードは移ろいやすいもの。 過去に紹介…

ニュートンが発見した万有引力の法則、 すなわち、２つの物体の質量をM、m、物体間の距離をr、万有引力定数をGとして、 物体間にはたらく力 F = G x M x m / r^2 と表せることは、古典力学のもっとも基本的な公式なひとつです。 Katritzkyら*1は、すべての原…

「直径 = 2 x 半径」 と小学生のときに習いましたが、これは円や球に通用する公式であって、 その他の物体では成立しないことがあります。化学構造も然りです。 まずは、二次元記述子計算のときと同じく、化学構造をグラフと考えてみます。 すべての原子につ…

前回のつづきです。CDKによるコードは以下のとおり。 桁落ちでNaNが出力されないように、ところどころ補正しています。 /* whim_unity.java */import java.io.*; import org.openscience.cdk.interfaces.*; import org.openscience.cdk.io.iterator.Iteratin…