LogP予測手法をたくさん挙げてはみたものの、結局どれを使えばええねん、って
思ってしまいます。じつは、専門の研究者もそう思っています。
そして実際、ベンチマークを主眼とする論文*1が2009年に発表されています。
この論文によると、ALOGPSやAB/LogPが良い結果を示していますが、
予測する化合物によって性能がバラつくようです。
ためしに、CDKのXLogPで、DrugBankデータベース収載薬物(1276種類)のLogPを予測して、
実測値と比較してみましょう。
R=0.909。高い相関が得られました。
(RMSDで評価するのが理想的なのですが、今回は割愛します)