OpenBabelに「obgrep」という部分構造検索コマンドがあるのですが、 CDKのUniversalIsomorphismTesterクラスとどちらが優れているか検証してみようという企画です。【比較条件】 QueryはSMILES形式の環構造。 検索対象DBは、DrugBankの6620化合物（SDF形式）…

（編集中）

わざわざ3次元座標を生成しなくても、 各原子の原子タイプから回帰分析により近似できる記述子があります。 たとえば、疎水性（XLogP）、表面積（TPSA）、そして今回、 分子の体積を求めます。 Zhaoら*1によると、 以下の式でファンデルワールス体積Vが近似…