最近は、論文誌の種類が増えて、 先行文献を網羅的に把握することが難しくなってきています。 また、過去に読んだ論文でも、 あの文章はどの論文のくだりだったか、思い出すだけでもひと苦労です。 このブログで紹介した文献も10種類を超えましたので、これ…

さきの記事で、「分子骨格(molecular framework)」を定義しました。 今回はその応用編です。 Yangらは、標的タンパク質選択性（最近流行のキーワードでもあります）との関連性に注目しました*1。 f_MF = (「分子骨格」内の重原子数) / (全体の重原子数) と定…

祇園祭。周辺には山鉾が配置され、多くの人で賑わっているところです。 山鉾の骨格には釘を一切用いず、荒縄で木材を丁寧に結って組み立てます（縄がらみと呼びます）。 直感的に強度が心配になりますが、実はそのほうが靭やかで強い構造になるらしく、 特に…

せっかくcdk-1.3.12をインストールしたので、新クラスを使ってみます。 非常にシンプルなLogP計算手法が実装されています。 なんと、「炭素数」と「ヘテロ原子数」の2変数だけから回帰します（参考までに、XLogPは90変数）。 logP = 1.46 + 0.11 x (炭素数) …

I fixed sum bugs in a CRAN package 'enrichvs-0.0.4', and updated to version '0.0.5'. http://cran.r-project.org/web/packages/enrichvs/ An advantage of 'enrichvs' is to draw enrichment curves very easily. It works smoothly even if the number…