ふたつの化学構造が同一構造なのか、手っ取り早く知りたいとき、 "Canonical (正準化された)" SMILES形式を使うと便利です。 化学構造を"通常の"SMILES形式で表現しようとすると、一意に定まらないことがあります。 たとえば、エーテル（diethyl ether）の場…

CRANのenrichvsパッケージにメールアドレスを載せていた影響なのか、 先日質問メールがとどきました。どうやら、Truchonらの論文*1を読んで ExcelでBEDROCを計算しようとして躓いているご様子。 従来より、スクリーニングの性能評価には、 エンリッチメント…

ファーマコフォア (pharmacophore)とは、分子構造の抽象的な特徴を３次元空間上に配置したものです。 たとえば、２つの窒素原子と１つの酸素原子が以下のように配置した ファーマコフォアを定義してみます。 CDKのPharmacophoreMatcherクラスを使って、この…