指紋を認識するアルゴリズムでは、線（隆線）の切れ目や分岐点の座標情報を抽出して 登録/照合を行うタイプが主流だそうです。 これら特徴点の数や位置は人によって異なりますので、個人認証にぴったりというわけです。 化合物にも、フィンガープリント（fin…

記述子計算のフリーソフト「PaDEL-descriptor」を見つけました*1。 実装内容は、 1D, 2D記述子 663種類 3D 134種類 フィンガープリント 10種類 とのことです。CDKをベースとして、さらにフィンガープリントを充実させている様子です。 まずは、とりあえずダ…

個人的な偏見ですが、フリーソフトの部分構造検索には疑心を抱いていて、 いちど検出率を確認してみようと思った次第です。 まずは、UniversalIsomorphismTesterクラスを使ってみます。 「Cannot percieve atom type for 〜」の警告が鬱陶しいので、 今回は…

（編集中）

Fragmentってゆーから期待してしまいましたが、 ソースコードを読んで、単に結合の粗密を測る尺度だとわかりました。 Nilakantanら*1の論文では、 別プログラムで環構造単位に分子を切断した後、それぞれのフラグメントについて この尺度で計算していますの…

花粉が目にしみる… クロモグリク酸Na配合の目薬、よく効くそうですね、高いですけど。 構造式を見てみると、左右対称の面白い形をしています。原子に番号を振ってみました。以下で使います。 前回の補足として、 隣接行列から距離行列を計算してみましょう。…

「Eccentric」と聞くとエキセントリック少年ボウイを思い出させますが ここではそんな「風変わりな」という意味ではなく、 れっきとした数学用語「離心性」として扱います。 どちらのEccentricも、中心（centric）から離れているイメージです。 原子間の繋が…

武道では、「守破離」という修行の順序に関する心得があるそうです。 「守」 → 所属する流派の教えを忠実に模倣する 「破」 → 他流派の教えを取り入れ発展させる 「離」 → 独自で創造的なものを生み出す 何をするにしても、模倣から始めるのが良い気がします…