部分構造検索 (1)

CDK

個人的な偏見ですが、フリーソフトの部分構造検索には疑心を抱いていて、
いちど検出率を確認してみようと思った次第です。


まずは、UniversalIsomorphismTesterクラスを使ってみます。
「Cannot percieve atom type for 〜」の警告が鬱陶しいので、
今回は、SDファイルを入力としました。
同時に、部分構造をSMILES形式で引数に入れます。

java -cp $CLASSPATH is_subgraph 



/* is_subgraph.java */
import java.io.*;

import org.openscience.cdk.io.iterator.IteratingMDLReader;

import org.openscience.cdk.interfaces.IMolecule;

import org.openscience.cdk.interfaces.IAtomContainer;

import org.openscience.cdk.isomorphism.UniversalIsomorphismTester;

import org.openscience.cdk.smiles.SmilesParser;

import org.openscience.cdk.smiles.SmilesGenerator;

import org.openscience.cdk.DefaultChemObjectBuilder;



class is_subgraph {

    public static void main(String args[]){

        if(args.length!=2){

            System.err.println("is_subgraph <query-smarts> <sd-file>");

            System.exit(1);

        }

        SmilesParser sp = new SmilesParser(DefaultChemObjectBuilder.getInstance());

        IAtomContainer SMIquery;

        FileInputStream fis = null;

        IteratingMDLReader isr = null;

        try{

            fis = new FileInputStream(new File(args[1]));

            isr = new IteratingMDLReader(fis, DefaultChemObjectBuilder.getInstance() );

        } catch (Exception e) {

            e.printStackTrace();

        }
       while( isr.hasNext() ){

            IMolecule imol = (IMolecule)isr.next();

            String id = (String)imol.getProperty("DATABASE_ID");

            //String id = (String)imol.getProperty("cdk:Title");

            boolean isSubstructure = false;

            try {

                SMIquery = sp.parseSmiles(args[0]);

                isSubstructure = UniversalIsomorphismTester.isSubgraph(imol, SMIquery);

            } catch (Exception e1) {

                e1.printStackTrace();

            }

            if(isSubstructure == false ) continue;

            SmilesGenerator sg = new SmilesGenerator();

            try {

                System.out.printf("%s\t%s\n", sg.createSMILES(imol), id);

            } catch (Exception e1) {

                e1.printStackTrace();

            }

        }

    }

}

つづく。