WHIM記述子*1は、代表的な三次元記述子のひとつで、 xyz座標軸を主成分軸に線形変換して数値化する、という特徴を持ちます。 具体的には、原子の座標に物理量（原子量、体積、電荷など）で重みづけしつつ 分散共分散行列を計算し、行列の固有値を求めるとい…

アクオス、ビエラ、ブラビア、レグザ・・・3D化が進むテレビ業界ですが、 三次元情報を使いこなすには、まだ少し時間がかかりそうですね。 分子記述子にも、三次元情報を活用したものが数多く存在するのですが、 今まで紹介してきた一次元/二次元記述子と比…

A CRAN package enrichvs-0.0.4 still has some bugs. ideal curve is plotted upside down when "decreasing=FALSE" is used. probably works well if you flip the sign of scores and use "decreasing=TRUE". plots are influenced by initial order for …

SDF形式のファイルを見やすく表示するビューアは、様々な場面で頻繁に使われるアプリケーションです。 しかし、フリーで提供されているものを探してみると、意外と少ないものです。 以下、ざっとレビューしてみます。 なお、私のPC環境は、Winfows 7 (64 bit…

Molprint 2Dは、Benderら*1によって開発・実装されたフィンガープリントで、 研究目的であればフリーで使えます。 http://www.molprint.com/ 今日は、旨味成分のグルタミン酸[ OC(=O)CCC(N)C(=O)O ]から計算してみましょう。 入力ファイルは、MOL2形式限定で…

予測値（スコア）が出力された後は、その値を実際のラベルと照合して、 予測性能を評価することになります。 バーチャルスクリーニングの分野では、 「エンリッチメント（enrichment）」という概念に則って評価することが度々あります。 これは、「スコア上…

スパース形式のファイルが用意できたので、SVMを実際に動かしてみましょう。 頻用されている実装ソフトは、SVMlightやLibSVMですが、 今回はあえて、Fortranで書かれているp-svmを使ってみます ^^; （以下の手順は、LibSVMでもほぼ同じです）。 まずは、ダウ…

くすりとなりうる化合物を発見するために、コンピュータの力が利用されています。 「バーチャルスクリーニング（VS）」は、生物活性の期待できる化合物を情報技術で絞り込む方法です。 最新の機械学習アルゴリズムを使って、VSの手順を追ってみましょう。 S1…