三次元座標の生成

アクオス、ビエラ、ブラビア、レグザ・・・3D化が進むテレビ業界ですが、
三次元情報を使いこなすには、まだ少し時間がかかりそうですね。

分子記述子にも、三次元情報を活用したものが数多く存在するのですが、
今まで紹介してきた一次元/二次元記述子と比ぶると、
いまひとつ浸透していないようです。
次回からしばらく、これら「三次元記述子」を扱ってみたいと思います。

となると入力ファイルは、SMILESではなく、SDFやMOL2のような、
xyz座標を格納できるファイル形式が適切です。
以下では、SMILESから適当な三次元座標を生成して、SDF形式で保存してみます。

/* gen3d.java */
import java.io.*;

import org.openscience.cdk.interfaces.*;

import org.openscience.cdk.io.iterator.IteratingSMILESReader;

import org.openscience.cdk.interfaces.IMolecule;

import org.openscience.cdk.tools.manipulator.AtomContainerManipulator;

import java.io.FileWriter;

import org.openscience.cdk.io.SDFWriter;

import org.openscience.cdk.modeling.builder3d.ModelBuilder3D;
class gen3d {
    public static void main(String args[]){
        if(args.length!=2){

            System.err.println("getMW <smiles-file> <sdf-file>");

            System.exit(1);

        }

        FileInputStream fis = null;

        IteratingSMILESReader isr = null;

        try{

            fis = new FileInputStream(new File(args[0]));

            isr = new IteratingSMILESReader(fis);

        } catch (Exception e) {

            e.printStackTrace();

        }
        FileWriter fw = null;

        SDFWriter  mw = null;

        try {

            fw = new FileWriter(new File(args[1]));

            mw = new SDFWriter(fw);

        } catch (IOException e) {

            e.printStackTrace();

        }
        while( isr.hasNext() ){

            IMolecule imol = (IMolecule)isr.next();

            String id = (String)imol.getProperty("cdk:Title");
            try {

                ModelBuilder3D mb3d = ModelBuilder3D.getInstance();

                IMolecule mol3d = mb3d.generate3DCoordinates(imol, false);

                mw.write( mol3d );

            } catch (Exception e) {

                e.printStackTrace();

            }

        }

        try {

            mw.close();

        } catch (IOException e) {

            e.printStackTrace();

        }

    }

}

いざ実行してみますとエラーがようけ出てきましたが、大丈夫なのかな。

ちなみにopenbabelを使うと

babel --gen3d -ismi -osdf

シェルコマンド１行でできてしまいます。