2変数によるLogPの回帰

CDK descriptor

せっかくcdk-1.3.12をインストールしたので、新クラスを使ってみます。


非常にシンプルなLogP計算手法が実装されています。
なんと、「炭素数」と「ヘテロ原子数」の2変数だけから回帰します（参考までに、XLogPは90変数）。

提案された原著論文*1によると、
従来法と遜色ない精度を示すそうです。



/* mannholdlogp.java */
import java.io.*;

import org.openscience.cdk.interfaces.*;

import org.openscience.cdk.io.iterator.IteratingSMILESReader;

import org.openscience.cdk.tools.manipulator.AtomContainerManipulator;

import org.openscience.cdk.config.Elements;
class mannholdlogp {

    public static void main(String args[]){
        if(args.length!=1){

            System.err.println("mannholdlogp <smiles-file>");

            System.exit(1);

        }

        FileInputStream fis = null;

        IteratingSMILESReader isr = null;

        try{

            fis = new FileInputStream(new File(args[0]));

            isr = new IteratingSMILESReader(fis);

        } catch (Exception e) {

            e.printStackTrace();

        }

        while( isr.hasNext() ){

            IMolecule imol = (IMolecule)isr.next();

            String id = (String)imol.getProperty("cdk:Title");
            int carbonCount = 0;

            int heteroCount = 0;

            for (IAtom atom : imol.atoms()) {

                if (!Elements.HYDROGEN.getSymbol().equals(atom.getSymbol())) {

                    if (Elements.CARBON.getSymbol().equals(atom.getSymbol())) {

                        carbonCount++;

                    } else {

                        heteroCount++;

                    }

                }

            }

            double mLogP = 1.46 + 0.11*carbonCount - 0.11*heteroCount;
            System.out.printf("%s\t%.3f\n", id, mLogP);

        }

    }

}

コードも短くて読みやすいのです。

*1: Mannhold et al. Calculation of molecular lipophilicity: State-of-the-art and comparison of log P methods on more than 96,000 compounds. J Pharm Sci. (2009) 98, 861-93 PubMed