先日、XLogPは「原子タイプの線形和と考える手法」に分類されると書きましたが、 実際どのように値が算出されるのか、例をあげつつ説明してみます。 きょうの分子は、市販かぜ薬に解熱鎮痛成分として含まれている 「アセトアミノフェン (Acetaminophen)」で…

LogP予測手法をたくさん挙げてはみたものの、結局どれを使えばええねん、って 思ってしまいます。じつは、専門の研究者もそう思っています。 そして実際、ベンチマークを主眼とする論文*1が2009年に発表されています。この論文によると、ALOGPSやAB/LogPが良…

分子量と並んでよく計算されるものに、「LogP（ろぐぴー）」があります。 LogPは、その化合物が油と水のどちらに溶けやすいかを示す指標で、 薬物のADME（吸収、分配、代謝、排泄）を決定する重要な因子となります。 油によく溶ける分子は、体内に吸収されや…

前回のコードを改造して、 ドナー（水素を供与する側の原子）の数も同時に数えてみましょう。 定義は、アクセプターより単純です。 酸素もしくは窒素原子のうち、水素原子に隣接し、しかも負電荷を帯びていないもの ID, アクセプター数、ドナー数をタブ区切…

前回は、すべての原子について一律に計算しましたが、 今回は、特定の条件を満たす原子についてのみ、計算してみましょう。 あらゆる分子の間にはさまざまな引力や斥力が働いていますが、 くすりの設計において最も注目されるのが「水素結合」です。 水素結…

手始めに、くすりのサイズの目安となる「分子量」から計算してみましょう。 エレベーターに重量制限があるのと同じで、重い分子は 飲んでも小腸の細胞膜をなかなか通してくれず、体内に吸収されにくくなります。 それゆゑに、内服薬としては、分子量500以下…

化学構造情報には、定型のファイル形式があり、 さまざまなソフトウェアで互換できるように設計されています。 代表的なものに、 SMILES (すまいるず) SMARTS (すまーつ) SMIRKS (すまーくす) InChI （いんち） SDF (えすでぃーえふ) MOL (もる) MOL2 (もる…